Agents of S.H.I.E.L.D

Coulson e i suoi uomini continuano a scontrarsi con l'HYDRA, adesso guidata dal dottor Whitehall, che è alla ricerca di un misterioso oggetto, l'Obelisco, che pietrifica chiunque lo tocchi. L'HYDRA non è però l'unico minaccioso nemico che gli eroi devono affrontare: si trovano a fare i conti anche con Raina, con un misterioso individuo che dichiara di essere il padre di Skye e con l'agente Ward.

In questa stagione Coulson e Skye iniziano a mettere insieme un gruppo di Inumani, i Secret Warriors. Il loro obiettivo è quello di tutelare il mondo da nuove minacce, come quella rappresentata dall'Inumano Lash. A rendere la situazione ancora più complicata c'è Ward, che sta tentando di ricostruire l'HYDRA ed è in cerca di vendetta. L'intenzione di Ward è quella di aprire un portale per Macbeth (il pianeta su cui Simmons è rimasta intrappolata finché i suoi compagni non sono riusciti a salvarla) e riportare sulla Terra l'antico leader inumano dell'HYDRA, Hive.

All'inizio di questa stagione Coulson si ritrova ad essere un agente sul campo e inizia una ricerca di nuovo individui potenziati. Lo S.H.I.E.L.D stringe un'inaspettata alleanza con Ghost Rider e Daisy per indagare sul Darkhold, un misterioso libro dagli oscuri poteri agognato da alcuni scienziati, che in seguito a un incidente con lo stesso libro vengono trasformati in fantasmi. Successivamente Radcliffe dà vita ad Aida, un'assistente robotica che viene spacciata per umana.

Lo S.H.I.E.L.D viene inaspettatamente mandato nel futuro, dove la terra è stata distrutta e i superstiti sono costretti a vivere in schiavitù e obbedire agli ordini dei Kree, capeggiati dal malvagio Kasius. Successivamente si alleano con Deke, uno dei sopravvissuti, e dovranno affrontare diverse sfide. Sembra però che l'impresa di salvare il mondo sia realizzabile solo a patto di lasciar morire Coulson.

Trascorso un anno dalla morte di Coulson, la squadra si trova a fronteggiare un altro pericolo, ovvero Sarge, che ha l'aspetto del loro defunto capo. Sebbene la squadra sia diffidente nei confronti di Sarge, decide di allearsi con lui e cercare di risolvere un problema comune: sconfiggere Izel, la leader di un'armata di pipistrelli mostruosi di sua creazione, gli Shrike, capaci di impossessarsi dei corpi delle persone.

La morte di Coulson è un fatto certo, ma alla fine della sesta stagione è stato creato un suo replicante con hardware Chronicom ed esperto della storia dello Shield. Gli agenti riprendono a viaggiare nel tempo, ritornando in punti nevralgici della storia dello SHIELD per preservare il futuro.