Alias

Irina Derevko si consegna alla CIA e viene rinchiusa in una prigione di massima sicurezza. La donna afferma di essersi pentita del suo passato e di voler recuperare il rapporto con la figlia Sydney. Ma Jack Bristow, che conosce bene Irina, non si fida di lei. Sydney riesce a distruggere l'SD-6 e diventa così un'agente regolare della CIA. Marcus Dixon e Marshall Flinkman, amici e colleghi di Sydney all'SD-6, vengono quindi a conoscenza della vera natura dell'agenzia per cui lavoravano e sono reclutati dalla vera CIA.

Sydney non ricorda nulla degli ultimi due anni, e tutti quelli che la conoscevano l'hanno creduta morta, incluso Michael Vaughn, che nel frattempo si è dimesso dalla CIA e ha sposato un'altra donna, Lauren Reed, agente del Consiglio di Sicurezza Nazionale presso l'agenzia. Sloane si è pentito delle sue malefatte passate ed è diventato un benefattore fondando la società umanitaria Omnifam, ispirato, come racconta lui stesso, dalla parola "pace" pronunciata dal Dire, il macchinario assemblato con i 47 pezzi di Rambaldi. Sydney cerca di indagare sul suo passato scomparso e per questo ritorna a lavorare nella CIA, dove Dixon, il suo ex-collega all'SD-6, è diventato il capo operativo, e Marshall si è fidanzato con una collega ora incinta.

Sydney lascia la CIA per entrare a far parte di un suo settore segreto, l'APO, guidato da Arvin Sloane (il nome è preso dal cartello che si trova all'entrata dei locali in una stazione della metropolitana di Los Angeles); l'APO è composta dai vecchi membri della squadra di Sydney, tra cui Jack Bristow, Michael Vaughn, Marcus Dixon, Marshall Flinkman e Eric Weiss, migliore amico di Vaughn e ingaggiato dopo che la squadra lo ha salvato durante un'azione segreta. Per ultima entra a far parte della squadra Nadia Santos, la figlia di Sloane e sorellastra di Sydney.

Dopo l'incidente Sydney fugge, mentre Vaughn, privo di sensi, viene rapito. Al pronto soccorso, Sydney incontra Gordon Dean, del "Dipartimento indagini speciali", che chiede la sua collaborazione per catturare Vaughn, il quale non sarebbe chi dice di essere. Nel frattempo Vaughn è fuggito ai suoi rapitori in Italia e si mette in contatto con Sydney, chiedendole di raggiungerlo. Le spiega quindi che il suo vero nome è André Michaux e che suo padre era coinvolto in un misterioso progetto chiamato "Quinto Profeta". Per sfuggire ai capi del progetto il padre di Vaughn aveva cambiato identità per sé e per il figlio. Sydney e Vaughn recuperano un libro con importanti informazioni sul progetto e lo consegnano a Leheman, un vecchio amico del padre di Vaughn. Gordon Dean, tuttavia, uccide Leheman e ferisce gravemente Vaughn, che muore in ospedale, dopo aver scelto insieme a Sydney il nome per la bambina che hanno appena scoperto di aspettare, Isabelle.