X-Files

Con il progetto X-Files ufficialmente chiuso, Mulder e Scully ritornano alle indagini dell'FBI. Ma gli agenti, abituati ad avere a che fare con casi straordinari che coinvolgevano extraterrestri e il paranormale, a malapena riescono a celare la loro noia. Credendo di essere sorvegliati dall'agenzia, i due si incontrano nel parcheggio del Watergate Hotel. Là Mulder confessa a Scully di essere depresso per la missione della sua vita, trovare le prove che confermino che sua sorella è stata rapita dagli alieni anni prima. Si lamenta che malgrado i numerosi incontri con degli UFO, ancora non possiede nessuna prova fisica che provi l'esistenza degli extraterrestri. Egli sta perdendo interesse nella ricerca della verità, più tardi viene mandato a chiamare al Campidoglio dal Senatore Richard Matheson, un sostenitore degli X-Files, che lo rende partecipe di un grande segreto: presso un radio telescopio abbandonato a Porto Rico c'è stato un incontro con un UFO.

Una squadra di soldati in mimetica, capitanata dall'Uomo che Fuma, è alla ricerca di Mulder e del nastro per computer creduto essere in suo possesso. Alberto Hosteen e la sua famiglia vengono interrogati e picchiati, e Scully, la cui visita al carro ferroviario non l'ha condotta da nessuna parte, viene arrestata, perquisita e interrogata. Ma gli sforzi dell'Uomo che Fuma si rivelano vani. Presso la sede centrale dell'F.B.I., a Scully viene dato un permesso obbligatorio di assenza fino a quando una commissione non avrà chiarito la natura della sua insubordinazione. Dopo la lavata di testa, Scully ritorna a casa dalla sua famiglia. Dice a sua madre di aver sbagliato a contraddire i suoi superiori. Quando Scully ritorna a Washington, Frohike l'informa che Cervellone, l'hacker di computer che ha avuto accesso ai file MJ, è stato assassinato in maniera professionale da ignoti assalitori. Quando Scully avvisa Skinner delle novità, e ipotizza che Mulder e Cervellone potrebbero essere stati uccisi dagli stessi individui, Skinner si mostra interessato solo al nastro per computer scomparso.

Inseguito da un cacciatore di taglie alieno, Jeremiah Smith porta Mulder in una fattoria dove trova diverse ragazze che sono cloni di sua sorella.

Scully aiuta Mulder ad inscenare la sua morte, ma è posta sotto stretto controllo; Skinner è sospettato come il traditore interno all'Fbi; Mulder (creduto morto) riesce ad infiltrarsi nel Dipartimento della Difesa per recuperare la possibile cura alla malattia di Dana, che nel frattempo sta peggiorando, ma nel farlo si trova di fronte alla verità sugli alieni a cui ha dato la caccia per anni. Effettivamente i racconti di Kritschgau erano parte della menzogna, essendo questi un membro del cosiddetto "sindacato" di cui fa parte anche l'uomo che fuma.

In Arizona un uomo muore dopo che dal suo petto esce una strana creatura, che uccide anche un suo collega. Mulder è convocato da una commissione interna per validare i fatti narrati nel film "X-Files", nonché per mostrare come intende recuperare i dati andati persi nell'incendio del suo ufficio (quinta stagione, episodio 20). La commissione non crede a Mulder ma consegna gli X-Files agli agenti Jeffrey Spender e Diana Fowley. Il consorzio, per provare a catturare la creatura si avvale dell'aiuto di Gibson, il bambino capace di leggere la mente (quinta stagione, episodio 20). Scully e Mulder accorrono in Arizona, ma il caso è rilevato da Spender e Fowley. Mulder si introduce in una centrale nucleare dove sembra si nasconda il mostro. Questo uccide un membro del consorzio ma risparmia Gibson. L'intromissione nel caso costa a Mulder (e Scully) il definitivo sollevamento dagli X-Files.

In Costa d'Avorio, Dana continua ad indagare sui manufatti recuperati che appartengono allo scafo di una navicella aliena. Su questo vengono trovate iscrizioni in lingua Navajo che riportano passi della Bibbia, del Corano e la mappatura completa del genoma umano, confermando la teoria che la vita sulla terra è di origine extraterrestre. Intanto, Mulder (internato a causa di una iperattività cerebrale che causa episodi di schizofrenia), chiede a Walter Skinner di contattare Michael Kritschgau, l'unico che sa come curare l'agente, avendo già avuto a che fare con casi simili in passato. A ostacolarli, Diana Fowler che agisce sempre per conto del consorzio.

Il vicedirettore Alvin Kersh forma una taskforce per ritrovare Fox Mulder, guidata dall'agente speciale John Doggett, convinto che Mulder si sia allontanato spontaneamente per cercare la "sua verità". Scully però sospetta che Doggett sia stato promosso in quel ruolo, solo per insabbiare un rapimento alieno, per cui chiede l'aiuto di Skinner per intraprendere una ricerca autonoma. Qualcuno intanto trama nell'ombra per eliminare le prove di un coinvolgimento extraterrestre.

Carl Wormus, un impiegato del FBI, viene annegato da una donna conosciuta in un bar. Monica incontra il vicedirettore dell'Fbi Brad Follmer (suo ex partner) il quale gli consegna prove dell'insabbiamento dei fatti di 48 ore prima (ottava stagione, episodio 20), ciò manda su tutte le furie Dogget. In aggiunta Mulder è nuovamente sparito e non può aiutare il collega impegnato contro Kersh. Follmer si rivela detrattore di Dogget che, nel frattempo, indaga sulla morte di Wormus: arrivato ad una centrale per il trattamento delle acque, si nasconde in un serbatoio per sfuggire alla trappola tesagli da Follmer, ma viene trascinato sul fondo dalla donna del bar. Nel frattempo Dana teme che suo figlio abbia veramente poteri sovrannaturali.

Quattordici anni dopo la chiusura degli X-Files, Mulder viene contattato da Scully per volere di Walter Skinner, il vice-direttore dell'FBI, il quale vuole che Mulder incontri Ted O'Malley, il presentatore di un noto show in onda su Internet. Mulder e Scully si incontrano a Washington dove vengono accolti da O'Malley in una lussuosa limousine che li porterà in una lontana casa di campagna a Low Moor in Virginia. In questa casa incontrano una ragazza di nome Sveta, la quale afferma di avere frammenti di ricordi di vari rapimenti alieni, in cui esseri non umani prelevavano un feto dal suo addome, e di possedere un DNA alieno che Scully dovrà esaminare. O'Malley porta Mulder in un luogo segreto dove gli mostra un velivolo triangolare costruito sulla base di tecnologia aliena.

Scully viene ricoverata in ospedale dopo un attacco causato da una visione del futuro che coinvolge William, il figlio avuto insieme a Mulder. Mulder si propone di investigare, incrociando inavvertitamente percorsi con ex membri del Consorzio, il signor Y ed Erika Price, la cui missione è colonizzare l'universo. Walter Skinner viene avvicinato da Monica Reyes e dall'uomo che fuma, che gli offre protezione contro il virus alieno in suo possesso, ma Skinner sembra interessato solo ad aiutare Mulder e Scully. L'uomo che fuma rivela di aver generato William abbinando il suo DNA a quello alieno, e ingravidando Scully.